События фильма разворачиваются в 1999 году, в преддверии появления Зентреди и масштабной межзвёздной войны. На Земле обнаруживают инопланетный космический корабль, в котором находится невероятно продвинутая технология. Это открытие становится катализатором конфликта между ООН и группировкой, именуемой АнтиООН, который затягивается на целых восемь лет. За это время многочисленные и опытные пилоты уходят в небытие, и их место занимают юные новобранцы, горящие желанием сражаться. Среди них — Шин Кудоу, стремительный и талантливый пилот истребителя F-14 Tom Cat, служащий под флагом ООН. Однако его судьба резко меняется, когда он сталкивается с противником и оказывается сбитым, терпя крушение на удалённом и неконтролируемом тропическом острове под названием Майян. К счастью, его спасают местные аборигены, которые заботливо ухаживают за ним и помогают восстановить силы. Оказавшись на этом таинственном острове, Шин погружается в мир, полный загадок. Он вскоре обнаруживает, что как сам остров, так и племя, проживающее на нём, имеют глубокие корни, уходящие в Протокультуру — древнюю цивилизацию, возможно, посетившую Землю в далёком прошлом. На Майяне происходят странные энергетические явления, сверкающие потрясающими светом и заставляющие молодого пилота задуматься о том, как эта сверхтехнология может быть связана с недавно найденной инопланетной техникой. Шин сталкивается с моральными и философскими дилеммами, когда начинает понимание того, что его личная судьба и судьба аборигенов переплетены с ходом войны. Он осознает, что настоящая борьба идет не только на поле боя, но и в душе каждого из них. С каждым мгновением, проведенным на острове, он всё больше углубляется в тайны Протокультуры и природе самой войны, что в итоге подготавливает его к решающим переменам, которые повлияют на его жизнь и, возможно, судьбу всей планеты.