Сюжет фильма переносит зрителей в Японию середины XIX века, где динамичные события раскрываются на фоне значительных социальных и культурных изменений. Главным героем является капитан Нейтон Альгрен, опытный военный офицер из Америки, славящийся своим мужеством и боевыми достижениями. Его пригласили в Японию, чтобы обучить новосозданные вооружённые силы страны современным методам ведения войны, соответствующим западным стандартам. Император Японии, стремясь ввести страну в новую эру, решает ознаменовать эти перемены созданием новой армии, которая сможет противостоять угрозам внутри страны и из-за рубежа. Однако, на фоне этих кардинальных изменений возникает какое-то напряжение, связанное с традициями и ценностями самураев — культовых воинов Японии, чье мастерство и честь олицетворяют древние традиции. Когда происходит стража самураев, восстающих против нововведений, Альгрен оказывается втянутым в этот конфликт, который не только ставит под сомнение основы его воинского призвания, но и заставляет его пересмотреть свои взгляды на жизнь и боевое братство. Отступив на уединённую территорию самураев, он начинает изучать их философию и образ жизни, постепенно развивая глубокое уважение к их культуре и боевым искусствам. Фильм исследует трансформацию Альгрена из безразличного наёмника в человека, способного оценить и понять глубину самурайских традиций, а также их стойкость перед лицом перемен. Постепенно между ним и местным самураем, Кацумото, завязывается крепкая связь, основанная на уважении и взаимопонимании, что приводит к внутреннему конфликту Нейтон, который должен выбрать между долгом перед новым правительством и уважением к древним традициям, которые он теперь ценит. На фоне великолепных пейзажей Японии и захватывающих сцен боев, фильм не только рассказывает о военных конфликтах, но и касается важных тем о культурах, идентичности и поиске смысла в мире, где старое сталкивается с новым. Альгрен становится символом тех, кто стремится найти своё место в стремительно меняющемся мире, что делает "Последнего самурая" не просто исторической драмой, а глубоким философским размышлением о честности, чести и преданности.